Atualmente o lobo-guará tem travado uma verdadeira luta pela sobrevivência, devido à destruição do Cerrado brasileiro, um dos ambientes de maior biodiversidade do planeta. As populações de lobos-guará têm sofrido declínio significativo, com a perda de habitat sendo a principal ameaça a esta excêntrica espécie de canídeo. Projeções para o ano de 2040 indicam que a situação do Cerrado será ainda mais preocupante, indicando que mais 753.776 km² serão perdidos e o bioma terá 78% da sua área original destruída. O lobo-guará, sendo uma espécie restrita a esse bioma, tem cada vez mais perdido seu habitat para as extensas plantações.
A caça também já levou populações ao declínio pelo fato de crenças populares sobre partes do corpo desse animal. Com a expansão da agricultura, o aumento de conflitos devido a predações ocasionais do lobo-guará sobre animais domésticos tem causado grandes pressões sobre as populações remanescentes. Atropelamentos também são importantes causas de mortalidade em algumas populações. Somados, esses fatos colocam o lobo-guará na lista de animais mundialmente ameaçados de extinção.
O lobo-guará é vítima da má fama associada às histórias de "lobo mau". Temido pela população, é implacavelmente perseguido e caçado, embora seja um animal solitário, tímido e dócil. A rigor, nem lobo ele é. Evoluiu separado dos demais canídeos e não é parente próximo de lobos ou raposas, com quem também costuma ser comparado. Inicialmente foi classificado como pertencente ao gênero Canis (o mesmo dos lobos e cães domésticos) devido à sua aparência erroneamente interpretada como semelhante a de um lobo, embora também faça parte da mesma família, a dos canídeos. Posteriormente, com uma melhor compreensão da sua biologia, foi remanejado para um novo gênero monoespecífico (composto por uma única espécie), Chrysocyon.
Admirado, amado e odiado, o guará é um sobrevivente solitário, e segue firme na sua luta contra a extinção, esperamos que sua obstinação em sobreviver não seja em vão, que o seu espírito ainda permaneça onipresente nos campos naturais da Serra da Canastra e, num futuro próximo, volte a povoar os campos e cerrados de todo Brasil.